ジェシー(ジェイソン・ジェームズ・リクター)は施設を脱走して悪さばかり。ある水族館で落書しているところを捕まった。施設に戻ったジェシーを待っていたのは里親のオファー。その気はなかったが里親の家へ。一方ジェシーは、自分が汚した水族館の清掃を命じられた。そこでシャチのウィリーと会った。
ウィリーは人間を拒否。しかしジェシーはウィリーと心を通わせて芸も覚えた。しかし大勢の観客の前では芸を拒否した。怒った水族館のオーナーは経費のかかるウィリーの飼育を断念。事故を装ってウィリーを殺し、保険金を取ろうと画策する。それを知ったジェシーたちはウィリーを海に返そうと決断した。