都会で暮す少年バスティアン(バレット・オリバー)。いじめっ子に追われて逃げ込んだ書店で不思議な本を見つけた。学校には行ったが授業をサボり、屋根裏の倉庫で本を読み始めた。
ファンタージェンという国が「無」に侵略されて消えていく。この危機を救うために勇者アトレイユ(ノア・ハザウェイ)が旅に出た。「無」に対抗できる力を求めて、様々な冒険を繰り返すが、「無」はますます強大化。絶望的な思いで王女である幼心の君(タミー・ストロナッハ)に接見する。
王女は叫んだ。ファンタージェンを救うのはあなた。おねがい。気づいて。それはアトレイユではなく、本を読んでいるバスティアンだった。